يُدار الاتحاد العربي للعلاج الطبيعي من خلال إطار منظم يضمن التمثيل العادل لجمعيات الأعضاء وكفاءة العمليات اليومية. يتكون الاتحاد من الهيئات التالية:
الجمعية العامة هي أعلى سلطة حاكمة في الاتحاد العربي للعلاج الطبيعي. وتتكون من ثلاثة (3) ممثلين عن كل جمعية أو نقابة عضو.
مجلس الاتحاد هو أعلى هيئة تنفيذية وإشرافية بين اجتماعات الجمعية العامة. ويتكون من ممثل واحد عن كل جمعية/نقابة عضو.
يعمل المجلس من خلال: